In de loop van de jaren ’90 wordt de subtop in Nederland breder en krijgt FC Twente concurrentie in de strijd om de posities achter de traditionele Top Drie. De club blijft wel een stabiele subtopper, maar ploegen als Vitesse, Roda JC en later Heerenveen sluiten zich aan bij FC Twente in de strijd om Europees voetbal. Begrotingstechnisch is de rek eruit bij de Enschedeërs: Stadion Het Diekman is commercieel niet aantrekkelijk, maar de bouw voor een nieuw onderkomen loopt steeds weer vertraging op. Dankzij een goed aankoopbeleid en de bewierookte jeugdopleiding weet FC Twente subtopklasseringen te continueren.

De laatste twee seizoen van Theo Vonk doet de club weliswaar mee om de Europese tickets, maar aan het einde van het seizoen komt de ploeg beide keren enkele punten tekort. Fred Rutten treedt toe tot de technische staf, nadat hij in het voorjaar van ’92 wordt afgekeurd voor betaald voetbal. Arthur Numan gaat de gelederen van PSV versterken en vertrekt ook uit Enschede. Trainer Theo Vonk verlaat na zes succesvolle jaren FC Twente en gaat naar het Spaanse Burgos. Rob Baan, die zojuist is gepromoveerd met Cambuur Leeuwarden, wordt de nieuwe trainer.

FC Twente gaat geweldig van start in het seizoen ’92/’93. Met Ronald de Boer, Youri Mulder en Prince Polley in de voorste linie is FC Twente de schrik van elke tegenstander. In december wordt een historische zege geboekt: in een kletsnat Olympisch Stadion wint FC Twente voor het eerst in de historie in Amsterdam van Ajax. Door een doelpunt van Prince Polley wordt het 0-1. In de winterstop haalt Ajax Ronald de Boer terug; FC Twente versterkt zich met Vurens en Mols. Twente eindigt dit seizoen als vijfde in de competitie en kwalificeert zich daarmee voor het UEFA Cuptoernooi. Ook in het seizoen dat hierop volgt, behaalt de club de vijfde plaats in de competitie. Twentse talenten als Pahlplatz en Bruggink debuteren en wederom mag de club zich opmaken voor een Europees avontuur.

Issy ten Donkelaar, tot dan toe hoofd jeugdopleidingen, wordt in de zomer van 1994 de nieuwe hoofdtrainer. FC Twente heeft een uitgebalanceerde selectie; een mix van ervaring (Hoogma, Ter Avest, Boerebach) en talent (Platvoet, Bruggink) zorgen voor een sterk elftal. Bovendien bezit het team veel scorend vermogen met Boerebach, Mols, Bruggink en Bosvelt. Feyenoord wordt in Het Diekman tijdens deze voetbaljaargang helemaal van de mat gespeeld: het wordt 5-1 in Enschede. De mannen van Ten Donkelaar behalen de vijfde plaats in de competitie. Het daaropvolgende seizoen ’95/’96 mag als turbulent worden omschreven. Na een teleurstellende reeks wedstrijden gaat Ten Donkelaar weer terug naar zijn oude post van hoofd jeugdopleidingen. Rutten neemt tijdelijk de honneurs waar, alvorens FC Twente de nog onbekende Duitser Hans Meyer presenteert. Het seizoen eindigt teleurstellende op de twaalfde plek.

Meyer bouwt echter onverstoorbaar door aan een nieuwe ploeg en niet zonder succes. Het voetbalseizoen dat erop volgt, is memorabel. De voorhoede is met de jonge Bruggink en de ervaren Bosman levensgevaarlijk. Het publiek weet de weg naar het stadion steeds beter te vinden en ook in de ‘betonbak’ van Het Diekman blijkt het te kunnen spoken. De ploeg heeft zelfs even uitzicht op de landstitel, maar de zenuwen spelen de ploeg parten. Desondanks weet FC Twente beslag te leggen op de derde plek, een uitermate knappe prestatie. De keerzijde van het succes is het vertrek van Bruggink en Bosvelt naar respectievelijk PSV en Feyenoord. Door het vertrek van deze twee belangrijke spelers, blessures en schorsingen en het overvolle programma (het elftal speelt 45 officiële duels) zit in het seizoen ’97/’98 een herhaling van het vorige jaar er niet in. In het UEFA Cuptoernooi speelt FC Twente achtereenvolgens tegen het Noorse Lilleström, het Deense AGF Aarhus en het Franse AJ Auxerre. In het bekertoernooi weet FC Twente in dit jaar tot de halve finale door te dringen, maar daarin blijkt PSV te sterk. Op 22 april 1998 neemt FC Twente met een lach en een traan afscheid van Het Diekmanstadion met een overwinning op Heerenveen. Op de laatste speeldag speelt FC Twente haar historische eerste wedstrijd in het nieuwe Arke Stadion en verslaat hierin PSV met 3-0.

FC Twente wist niet alleen op sportief gebied een flinke stap te zetten door zich weer definitief in de subtop te vestigen. Ook financieel gaat het de club steeds beter af in de jaren negentig. Dankzij een gedegen financieel beleid, dat niet altijd op de sympathie van de Twentse supporters kan rekenen, zorgt de club ervoor dat er weinig tot geen schulden zijn bij de club. Wanneer men dan in mei 1998 ook nog eens een nieuw stadion kan betrekken, is alles bijna in kannen en kruiken.

Met het nieuwe stadion, een goede spelersgroep, een goede jeugdopleiding en fantastische supporters heeft FC Twente zich in de jaren negentig ontwikkeld tot een club waar rekening mee dient te worden gehouden. Nieuwe historische feiten zouden in de eenentwintigste eeuw aan de clubhistorie worden toegevoegd.