De komst van Theo Vonk blijkt het begin van een nieuwe succesperiode in de geschiedenis van de club. In tijden waar de hoogte van de begroting steeds meer de rangschikking gaat bepalen, kan FC Twente ondanks de beperkte financiële middelen zich sportief laten gelden. In het eerste volledige seizoen met Theo Vonk als hoofdtrainer eindigt FC Twente op de zevende plaats. Desondanks mag er na dit seizoen weer geconstateerd worden dat FC Twente na vele magere jaren eindelijk weer meedoet om de knikkers.

In het jaar dat erop volgt, groeit FC Twente door op sportief gebied en eindigt in de jaargang ’87/’88 op een derde plek. Er wordt goed voetbal gespeeld gedurende de competitie met spelers als Piet Keur, Wim Balm en Piet Huistra. Toch grijpt FC Twente naast Europees voetbal. De nacompetitie verloopt totaal niet als verwacht en FC Groningen, dat notabene op de twaalfde plek eindigt in de competitie, gaat er in de play-offs met de Europese ticket vandoor.

In de zomer van ’88 vertrekt doelman Snelders naar Schotland; van AZ wordt zijn vervanger Hans de Koning gecontracteerd. In zijn eerste jaar onder de lat in Enschede is De Koning de minst gepasseerde doelman. Met een meer dan solide verdediging verliezen de Enschedeërs slechts vijf duels en pakt de club wederom de derde plek. Er wordt achttien gelijk gespeeld en bovendien met maarliefst 6-1 van Feyenoord gewonnen. Voor het eerst in negen jaar mag de club weer Europa in. Tevens weet FC Twente voor het eerst sinds jaren weer eens twee internationals af te leveren, namelijk linksbuiten Huistra en laatste man Rutten. Desondanks kunnen de knappe prestaties in het land niet op veel waardering rekenen. De ploeg wordt afgeschilderd als saai en kleurloos en krijgt de bijnaam ‘kampioen der gelijke spelen’. De pers laat zich veelal negatief uit over Theo Vonk en zijn spelers, tot grote ergernis van de oefenmeester zelf.

De overgang naar de jaren negentig verloopt niet geheel soepel. In de zomer van 1989 maakt Rijvers bekend te vertrekken bij de club, aangezien hij het laatste seizoen niet als prettig heeft ervaren. Daarnaast vertrekken vele spelers, zoals Balm, Keur en Koopman. Niet om financiële redenen, maar vanwege de inpasbaarheid in het nieuwe door Vonk op te bouwen elftal. Aan de vooravond van het seizoen ’89/’90 lijkt FC Twente weer helemaal opnieuw te moeten beginnen. De club haalt onder meer Claus Nielsen en Marcel Peper, maar veel van de posities worden opgevuld door jonge talentvolle spelers als Sander Boschker, Erik ten Hag, Clemens Zwijnenberg en André Karnebeek. Binnen drie jaar heeft Vonk de gehele spelersgroep waar hij ooit mee begon, vervang met nieuwe spelers. Waar iedereen reken houdt met een overgangsjaar, spot het jonge FC Twente met alle wetten door wederom als derde te eindigen. Het 25-jarig jubileum wordt kleur gegeven door het behalen van Europees voetbal. FC Twente staat er begin jaren ’90 goed voor.