De start van de nieuwe fusieclub is in de laatste zestiger jaren moeizaam te noemen. De schulden van Sportclub, de Boys en de Stichting Voetbalbelangen Twente moesten worden overgenomen door de fusieclub. Een voor die tijd gigantisch bedrag van ruim 800.000 gulden. Gezien het feit dat een deel van de schulden direct opeisbaar is, komt de nieuwbakken fusieclub al in het eerste jaar in liquiditeitsproblemen. In de herfst van 1965 wordt er al bij de gemeente aangeklopt om de salarissen van de spelers te kunnen betalen. Erg verwonderlijk is dat niet, aangezien het eerste jaar de totale last van de spelerssalarissen ongeveer de helft van de begroting bedraagt. Een logisch gevolg van het feit dat FC Twente alle selectiespelers van zowel Sportclub als de Boys heeft overgenomen.

Naast alle financiële rompslomp is het eerste seizoen sportief gezien ook bepaald geen succes. Ondanks de hoge verwachtingen en de veelbelovende voorbereiding, kan de club niet overtuigen. De competitie begint goed voor FC Twente; na negen wedstrijden staat de ploeg zelfs tweede. Echter zakt de ploeg diep weg na interne strubbelingen en irritaties. Van de overige 21 wedstrijden worden er nog maar vier gewonnen en FC Twente maakt een vrije val die eindigt op de elfde plek in de competitie. Ook de inkomsten blijven ver achter op de verwachtingen en de club sluit het eerste seizoen af met een schuld van iets meer dan één miljoen gulden.

Onder leiding van de ‘commissie van drie’, bestaande uit Hilbrink, Olijve en Iliohan, gaat het roer om bij FC Twente. Trainer Donenfeld wordt na het tegenvallende eerste seizoen vervangen door de jonge ambitieuze Kees Rijvers. Deze voert een radicale verjonging door en licht de gehele spelersgroep door. De oude vedetten van Sportclub en de Boys moeten plaats maken voor een nieuwe lichting talenten, met spelers als Jeuring, Pahlplatz en Drost. Toch is de financiële kant van de club nog steeds niet zorgenvrij. Daar komt pas in 1967 langzaam verandering in. Publiekslieveling Spasejo ‘Paja’ Samardciz wordt verkocht aan Feyenoord voor het toen astronomische bedrag van een half miljoen gulden. Schulden kunnen voor een deel worden afgelost en trainer Rijvers kan investeren in spelers als Kick van der Vall, Dick van Dijk en Eddy Achterberg. Sportief is de basis gelegd met de eigen talenten en de kwaliteitsimpuls van de nieuwe aankopen. FC Twente eindigt in het seizoen ’67-’68 op de achtste plaats in de competitie; Van Dijk is topscorer bij Enschedeërs met 22 doelpunten.

In dit jaar lijken ook de financiële zorgen definitief tot het verleden te behoren. Men treft een regeling met Sportclub Enschede, Enschedese Boys en Stichting Voetbalbelangen Twente. Schulden worden voor een groot deel afgelost en de financiële zorgen lijken voorbij. FC Twente ’65 kan als zelfstandige voetbalclub gewaarborgd blijven.